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Méthode d'affectation des probabilités aux interactions protéine humaine conçue par Stowers Proteomics Centre

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L'Institut Stowers Proteomics Center a publié une nouvelle méthode d'utilisation normalisées spectrale compte dérivé d'une série de purifications affinité analysés par spectrométrie de masse (APMS) pour générer une mesure probabiliste de la préférence des protéines d'associer les uns avec les autres .

Le travail - qui permet l'assignation des probabilités, non seulement pour les interactions au sein de bien défini assemblages de protéines, mais aussi à des interactions complexes entre - a été affiché sur le site Web de la Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS).

Grands APMS études ont joué un rôle important dans l'assemblage et l'analyse des réseaux d'interaction des protéines complètes pour abaisser les eucaryotes, comme la levure. Mais le développement de ces réseaux de protéines humaines a été ralentie par le coût élevé et d'importants défis techniques associés à l'étude systématique des interactions entre protéines.

L'Institut Stowers Proteomics Center a abordé ce défi en mettant au point une méthode de construction locaux et réseaux protéine ciblée. Avec cette méthode de calcul, la probabilité d'associer deux protéines est calculée à partir des appâts-proies lien de parenté, une amélioration par rapport à d'autres méthodes nécessitant systématique réciproque appâts-proie interactions ou de co-purification de proies par une tierce appât.

«Précédent protéines construit en utilisant les réseaux d'interaction des protéines par spectrométrie de masse des données ont été en grande partie basée sur binaire« oui / non »des données, où une protéine est présente dans un échantillon ou elle n'est pas», explique Michael Washburn, Ph.D., directeur de la protéomique et Auteur principal sur le papier. "Nous étions intéressés par les approches protéomique quantitative. Nous avons été en mesure de mettre au point une méthode permettant de générer plus d'informations riches en réseaux, où la préférence de deux protéines de s'associer au sein d'un complexe définie ou au sein d'un réseau plus vaste assemblée peut être estimée en utilisant Baysian probabilités. Nouvelle approche permet d'ajouter des informations à l'analyse des protéines complexes et des réseaux, car tous les protéines interagissent de la même manière. "

Le travail fournit non seulement une percée significative dans l'analyse protéomique, il est également titulaire promesse en facilitant le développement de traitements pour les maladies.

"En ayant un aperçu en ce qui concerne les plus probables contacts au sein d'une multiprotein complexes, nous pouvons élaborer des stratégies ciblées pour perturber interactions spécifiques», a déclaré Mihaela Sardiu, Ph.D., associé de recherche postdoctorale et principal auteur sur le papier. "Cela pourrait être utile pour développer de nouveaux médicaments destinés à perturber complexes protéiques impliqués dans la maladie."

Le Proteomics Center est l'un des trois centres de développement de la technologie qui appuient la recherche à l'Institut Stowers. En plus de collaborer avec l'Institut Stowers équipes de recherche indépendantes, les centres de poursuivre la fine pointe des solutions à l'évolution des défis fondamentaux de la recherche biomédicale.

"L'Institut Stowers Proteomics Center fournit des solutions technologiques que changer fondamentalement la manière dont Stowers chercheurs abordent leur travail», a déclaré Robb Krumlauf, Ph.D., directeur scientifique. «En raison de l'appui fourni par nos centres de développement de la technologie, Stowers équipes de recherche peuvent aborder des problèmes de longue date dans des façons nouvelles et novatrices, la recherche et l'élévation de leurs résultats."

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Article adapté par Medical News Today de l'original du communiqué de presse.
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Contingents supplémentaires auteurs de l'Institut Stowers inclure Cai Yong, Ph.D., chercheur I; Jingji Jin, Ph.D., Senior Research Associate; Selene Swanson, Research Specialist II; Ronald Conaway, Ph.D., chercheur, Joan Conaway, Ph.D., chercheur, et Laurence Florens, Ph.D., directeur général de la protéomique.

Cliquez ici pour en savoir plus sur l'Institut Stowers Proteomics Center.

A propos de l'Institut Stowers

Aménagé dans une 600000 pieds carrés state-of-the-art installation sur un campus de 10 hectares en plein coeur de Kansas City, Missouri, le Stowers Institute for Medical Research mène des recherches fondamentales sur les processus fondamentaux de la vie cellulaire. Grâce à son engagement envers la recherche en collaboration et l'utilisation de technologies de pointe, l'Institut cherche des moyens plus efficaces de prévenir et de guérir la maladie. L'Institut a été fondé par Jim et Virginia Stowers, deux survivants du cancer qui ont créé des fonds de dotation combiné de 2 milliards de dollars à l'appui de la recherche fondamentale de très haute qualité.

Source: Marie Jennings
Stowers Institute for Medical Research

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