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Nouvelle technique puissante de mise en réseau améliore la découverte des gènes

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L'identification des gènes qui causent la maladie sera beaucoup plus facile et plus rapide grâce à un puissant nouveau gène-networking modèle développé par les chercheurs de l'Université du Texas à Austin.

Edward Marcotte et son collègue, le chercheur postdoctoral Insuk Lee, le gène utilisé la technique du réseau pour identifier de nouveaux gènes qui régulent la durée de vie et sont impliqués dans le développement tumoral dans le ver nématode.

En collaboration avec le groupe de Andrew Fraser à La Wellcome Trust Sanger Institute, les chercheurs ont manipulé les gènes nouvellement trouvée et ont pu prolonger la vie des vers de 55 pour cent et d'inverser l'apparition de tumeurs.

Marcotte espère étendre cette technique à l'identification des gènes de maladies et d'autres troubles chez l'homme. Le génome humain a été séquencé, mais on sait très peu sur ce que plus de la moitié des quelque 20000 gènes.

«C'est un grand pas en avant dans la découverte rationnelle des gènes de la maladie», affirme M. Marcotte, professeur à l'Institut de biologie cellulaire et moléculaire. "Nous pouvons utiliser cette technique de modélisation de gènes pour prédire la fonction de nouveaux gènes, puis exécuter des tests pour confirmer les résultats.

"Le processus pourrait grandement améliorer notre capacité à identifier des gènes spécifiques impliqués dans la maladie et l'aide dans le développement de médicaments."

Marcotte de recherche a été publié le 27 Janvier en ligne dans la revue Nature Genetics.

Gene modèles de réseaux sont les liens entre tous les gènes dans un organisme, Marcotte et les utilise comme un réseau social en ligne. Il apprend à ce que de nouveaux gènes par les gènes des connexions à d'autres personnes dans le réseau, tout comme les gens utilisent des systèmes de réseaux sociaux en ligne de se connecter avec ses amis et d'autres personnes ayant des intérêts similaires.

«On peut penser à elle comme à six degrés de séparation ou d'un Facebook.com pour les gènes», dit M. Marcotte. "Si vous connaissez un peu de gènes et de ce qu'ils font, leurs' amis' sans doute faire quelque chose de semblable, et nous pouvons trouver ces travers le réseau."

Pour construire le ver gène réseau, Lee, chercheur post-doctoral dans le groupe de Marcotte, la synthèse des données provenant d'environ 20 millions d'expériences du monde entier. Une représentation visuelle du réseau - qui est l'appel d'une oeuvre d'art moderne - est un réseau complexe de lignes interconnectant les 16000 gènes du ver.

Dans un ensemble d'études, les chercheurs ont étudié les gènes qui causent des tumeurs dans le vers. Les tumeurs sont un modèle pour l'œil humain le cancer (rétinoblastome) et apparaissent comme des excroissances sur toute la longueur du ver 'organes.

Par une recherche sur le réseau, ils ont trouvé environ 170 nouveaux gènes qui pourraient avoir été impliqués dans le développement des tumeurs.

Puis Marcotte collègues au Wellcome Trust Sanger Institute de Cambridge au Royaume-Uni mis à l'épreuve la fonction des gènes en inactivant les avec une technique connue sous le nom de l'ARNi. La technique imite l'action d'un potentiel de drogues en frappant sur la fonction de certains gènes.

Ils ont constaté que l'inactivation 16 des 170 gènes dans les tumeurs inversée vers.

Dans des études similaires, les chercheurs ont identifié des gènes qui régulent la vie en vers et manipuler les gènes d'étendre les vers la vie de 55 pour cent.

"Cela définit la scène pour faire des réseaux équivalents pour la souris et le génome humain", dit M. Marcotte. "Ensuite, nous l'espérons, nous pouvons découvrir les gènes qui sont les conditions de causalité pour les maladies chez les humains."

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Article adapté par Medical News Today de l'original du communiqué de presse.
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La recherche de contributions du Wellcome Trust inclus Ben Lehner, Catriona Crombie, Wendy Wong et Andrew Fraser.

Source: Edward Marcotte
Université du Texas à Austin

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