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OpenEye lance le "SAMPL 'Blind Challenge

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OpenEye Scientific Software, Inc, développeur innovant de modélisation moléculaire et cheminformatics solutions pour la découverte de médicaments, a annoncé le lancement de la première édition de l'Évaluation statistique de la modélisation des protéines et des ligands (SAMPL-1) aveugle défi .

SAMPL aveugle est un test de la protéine et le ligand de modélisation, une analyse des données sur les méthodes non perçue par les participants. "Avec SAMPL nous avons l'intention d'éviter" qui a gagné, qui a perdu ' ", a expliqué le Dr Anthony Nicholls, président et chef de la direction de OpenEye Scientific Software. "Au contraire, nous voyons cela comme une occasion pour les groupes de tester leurs méthodes, apprendre de l'expérience et de partager les leçons apprises." En outre, un tiers des testeurs, notamment modeleurs professionnels, sont invités à participer afin de permettre les comparaisons de méthodes unique lorsqu'elle est utilisée par plusieurs, indépendant, les participants.

SAMPL-1 sera constituée de deux ensembles de protéine-ligand données, généreusement fournis par Abbott Labs et Vertex Pharmaceuticals, et soixante-trois sous vide et de transfert des eaux énergies, courtoisie de Peter Guthrie à l'Université de Western Ontario, et des produits chimiques Computing Group. Les deux ensembles de données de protéine-ligand ont chacun entre vingt et soixante composés actifs, la majorité de la protéine-ligand structures cristallines. L'évaluation sera composée de trois parties:

1. Virtual Screening.
2. Prévoir la pose contraignante.
3. Predicting contraignant affinités.

"Espérons que SAMPL se révélera utile et devenir un événement régulier. Il existe de nombreuses variantes possibles, nous pourrions essayer dans les évaluations futures, telles que la fourniture des informations partielles, par exemple un sous-ensemble d'actifs ou de modes contraignant, plus typiques d'un projet industriel. Additionnelle propriétés physiques , Telles que les ratios tautomer, pKas, et thermodynamiques données pourraient être recherchées. Je crois fermement à un éventuel composant notre domaine nous aideront à évaluer les progrès et j'espère que de nombreux modeleurs et contribuent tous les deux d'accord », a conclu le Dr Nicholls.

Les résultats de SAMPL-1 sera présenté à la réunion CUP IX, le 17 mars-19e à Santa Fé. Tous les participants se verront offrir un slot s'exprimant à la réunion. La date limite pour la présentation des résultats est le 18 février 2008, un mois avant la réunion CUP IX. Pour plus de détails, voir http://sampl.eyesopen.com/ s’il vous plaît.

A propos OpenEye

OpenEye Scientific Software Inc est une entreprise privée dont le siège social est à Santa Fe, au Nouveau Mexique, avec des bureaux à Boston, Massachusetts et à Strasbourg, en France. Elle a été fondée en 1997 pour développer à grande échelle d'applications et d'outils de modélisation. Principalement axées sur la découverte de médicaments et de la conception, les domaines d'application comprennent l'informatique chimique, la structure de production, d'amarrage, de la forme de comparaison, la charge et l'électrostatique et de la visualisation. Le logiciel est conçu pour la rigueur scientifique, ainsi que la vitesse, l'évolutivité et la plate-forme de l'indépendance. OpenEye rend la plupart de ses technologies disponibles en pochettes - bibliothèques de programmation adapté à la coutume du développement. OpenEye logiciel est généralement distribuables sur de multiples processeurs, supporte 64 bits, et tourne sous Linux, Windows et Mac OS X, ainsi que HP, IBM, SGI et SUN saveurs d'Unix.

Http://www.eyesopen.com

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